位於八里鄉河海交接處，原本為二級古蹟「十三行文化遺址」，佔地約三千六百坪，全館面積約兩千坪，建築的原始構想來自於考古發掘及先民乘船渡海來台的意念。全館藉由三組不同型態的建築群，架構成完整的概念，分別表達山與海、過去與現在的意象，並以真實透心的材質，如清水混凝土、砂岩及老化的金屬板等，構築成完整的理念。 全館凹陷於地下一點五米，觀眾入館前，需經歷一段緩緩向下斜伸的坡道，象徵走入考古學家發掘的地下寶庫。入館後，在參觀完一樓的教育服務設施，再蜿蜒而上，即進入開闊的展示環境。 這裡展出史前的煉鐵遺跡，重要文物花了42億元台幣，在12年前就已建好，，但因弊端重重，至今仍擱置著。為陶器、鐵器、煉鐵爐、墓葬品及與外族之交易品等 十三行遺址的重現，彷彿一開始就是充滿戲劇性與驚奇。民國44年，空軍飛行官潘克永在一次飛行任務當中，經過觀音山的上空，赫然發現羅盤有受磁力干擾的異常現象，機敏的他猜測，地下可能埋有大量鐵礦，才使得羅盤受到干擾。為了解開這個謎團，他到現場察看，發現當地有疑似鐵礦的黑褐色「鐵石」。
為了開發可能存在的鐵礦，潘克永找上了在台灣大學任教的地質專家林朝渠教授以及中美鑽探公司工程師黃瀛東。民國46年，林朝渠與黃瀛東陪同潘克永一同前往台北縣八里鎮頂罟村勘查，以他的專業知識一眼就看得出來這些黑色鐵石並非鐵礦，而是俗稱「鐵屎石」的煉鐵殘渣。然而，根據史料記載，八里當地並沒有煉鐵的紀錄。沿著當地小路走到後來發現的十三行聚落，卻發現遍地鐵渣、貝塚、陶片，林朝渠高興地笑了，沒想到「鐵礦」沒有找著，竟找到台灣唯一鐵器文化的史前遺址。 本區也陳列遺址地層、考古探坑工作模型、遺址發掘影片等。，其代表性文物為「人面陶罐」等。 民國78年，就在考古學家等多位考古學家在八里進行考古發掘的同時，卻傳來當時台灣省住都局計畫石璋如、劉斌雄、臧振華、劉益昌在十三行遺址上興建八里污水處理廠的消息，污水處理廠的廠址幾乎與遺址重合。為了拯救台灣珍貴的史前遺址，考古學家四處奔走，呼籲各界重視，當時獲得社會大眾熱烈迴響，爆發台灣史上第一次文化保存與工程建設之間的衝突。 然而污水處理廠的興建工作並沒有停止，中研院的臧振華和劉益昌教授於是帶領學生在工程動工的同時在夾縫中進行文物的挖掘和搶救。多年後雖被列為二級古蹟，民國81年經行政院指定台北縣政府籌設文物陳列館，但遺憾已經造成。六萬平方公尺的遺址範圍，當年只搶救七百平方公尺，現今原址僅保留三千平方公尺，其餘均被嚴重破壞。主持搶救遺址文物的臧振華與劉益昌教授，在博物館開幕當天重回現場，形容這是「建立在當初的一個錯誤的博物館」，並希望政府記取教訓，也期待博物館發揮教育、娛樂及休憩的功能，彌補當初的遺憾。展場中陳列了當時的簡報與影像紀錄，並藉由怪手、抗議海報與探坑出土文物的模型擺設，帶領觀眾回到搶救發掘現場，感受當時的壓力與無奈。早在荷西時期，八里即有平埔聚落「八里坌社」的存在。在清朝時更是盛極一時的港埠，是漢族移民拓墾北台灣的重要據點之ㄧ。 八里的地質經鑽探岩芯結果得知，挖仔尾至十三行遺址一帶，1萬年前為陸地，1萬年至6千年間因全球海平面上昇，而為海水淹沒。一直到6千年前左右，這一帶才因沉積物堆積成為陸地，1800年前左右，十三行人在此大規模定居。近年來台北港防波突堤的興建，使得淡水河口以南、防波堤以北之海岸泥沙淤積加劇，人為建物成為海岸線變遷的另一主因。 本區為環型壁畫，係利用考古學家的研究結果及合理的推測想像，復原了十三行人的生活情景，呈現他們的生計活動、交易、墓葬、工藝技術、服飾、家屋與聚落等各個面貌。藉由實際文物的擺設，帶領觀眾想像十三行人的生活面貌。此區對於十三行人的墓葬、遺址的出土，也做了更為詳細的解說。另利用出土人骨，所復原的十三行人面貌，亦陳列在此。 本區內容主要為「複製文化層--展示製作紀錄」、「考古發掘日記」、如何測出十三行人的年代」、「台灣的平埔族」以及「台灣的南島民族」等影帶；及十三行人狩獵篇、煉鐵篇等動畫。 一千多年前，淡水河南岸，有個小小的部落。沒有人知道它的名字，也不知道這裡住的是甚麼人。據今五百年前，這個未知族群謎樣地消失在歷史的煙塵中。 至於「十三行遺址」命名由來，則是根據考古慣例：史前遺址的命名都用發現地的最小地名。遺址所在地台北縣八里鄉頂罟村有個別名叫「十三行村」，於是以村名命名為「十三行遺址」。至於頂罟村別名的由來則有不同的說法，一說是因為清朝時，這裡曾為重要商港，有多達十三行郊（商家）在此經商，所以將此處稱為「十三行」。可是，也有學者認為「十三行」可能來自原住民語言的音譯，為原住民稱呼該地之名稱。 十三行人生活在距今1800～500年前，屬於台灣史前的鐵器時代，，是目前唯一確定擁有煉鐵技術的史前居民。地上發現的柱洞痕跡，則暗示了他們建屋的方式為東南亞較常見的干欄式建築。當地出土的陶器、陶片顏色偏紅，與台灣出土的其他文化中的陶器有明顯差異。其中最引人注目的「鎮館之寶」，為人面陶罐，在口緣、足部的表面均勻散佈圈印、櫛點等裝飾圖樣，在陶罐腹部則為生動的人面造型：微凸的眉脊、狹長的雙眼、微張的嘴角、再配上臉頰旁立起的雙耳。人面陶罐為墓葬出土文物，據學者推測可能為宗教用途。留有大量證據的，還有墓葬的方式，十三行人為屈葬（大量出土的人骨姿勢為屈肢或半屈肢），都是背向觀音山，面向台灣海峽而葬。十三行遺址出土許多珠飾、青銅器及中國漢代至唐代的銅錢，還有台灣其他地區出土的陶器，顯示十三行人不但與島內他族群交通頻繁，也與中國、南洋一代的族群來往密切。與台灣原住民一樣，十三行人也屬於南島語族。考古學家推測，他們可能與平埔族中的凱達格蘭族關係最為密切。
為了開發可能存在的鐵礦，潘克永找上了在台灣大學任教的地質專家林朝渠教授以及中美鑽探公司工程師黃瀛東。民國46年，林朝渠與黃瀛東陪同潘克永一同前往台北縣八里鎮頂罟村勘查，以他的專業知識一眼就看得出來這些黑色鐵石並非鐵礦，而是俗稱「鐵屎石」的煉鐵殘渣。然而，根據史料記載，八里當地並沒有煉鐵的紀錄。沿著當地小路走到後來發現的十三行聚落，卻發現遍地鐵渣、貝塚、陶片，林朝渠高興地笑了，沒想到「鐵礦」沒有找著，竟找到台灣唯一鐵器文化的史前遺址。 本區也陳列遺址地層、考古探坑工作模型、遺址發掘影片等。，其代表性文物為「人面陶罐」等。 民國78年，就在考古學家等多位考古學家在八里進行考古發掘的同時，卻傳來當時台灣省住都局計畫石璋如、劉斌雄、臧振華、劉益昌在十三行遺址上興建八里污水處理廠的消息，污水處理廠的廠址幾乎與遺址重合。為了拯救台灣珍貴的史前遺址，考古學家四處奔走，呼籲各界重視，當時獲得社會大眾熱烈迴響，爆發台灣史上第一次文化保存與工程建設之間的衝突。 然而污水處理廠的興建工作並沒有停止，中研院的臧振華和劉益昌教授於是帶領學生在工程動工的同時在夾縫中進行文物的挖掘和搶救。多年後雖被列為二級古蹟，民國81年經行政院指定台北縣政府籌設文物陳列館，但遺憾已經造成。六萬平方公尺的遺址範圍，當年只搶救七百平方公尺，現今原址僅保留三千平方公尺，其餘均被嚴重破壞。主持搶救遺址文物的臧振華與劉益昌教授，在博物館開幕當天重回現場，形容這是「建立在當初的一個錯誤的博物館」，並希望政府記取教訓，也期待博物館發揮教育、娛樂及休憩的功能，彌補當初的遺憾。展場中陳列了當時的簡報與影像紀錄，並藉由怪手、抗議海報與探坑出土文物的模型擺設，帶領觀眾回到搶救發掘現場，感受當時的壓力與無奈。早在荷西時期，八里即有平埔聚落「八里坌社」的存在。在清朝時更是盛極一時的港埠，是漢族移民拓墾北台灣的重要據點之ㄧ。 八里的地質經鑽探岩芯結果得知，挖仔尾至十三行遺址一帶，1萬年前為陸地，1萬年至6千年間因全球海平面上昇，而為海水淹沒。一直到6千年前左右，這一帶才因沉積物堆積成為陸地，1800年前左右，十三行人在此大規模定居。近年來台北港防波突堤的興建，使得淡水河口以南、防波堤以北之海岸泥沙淤積加劇，人為建物成為海岸線變遷的另一主因。 本區為環型壁畫，係利用考古學家的研究結果及合理的推測想像，復原了十三行人的生活情景，呈現他們的生計活動、交易、墓葬、工藝技術、服飾、家屋與聚落等各個面貌。藉由實際文物的擺設，帶領觀眾想像十三行人的生活面貌。此區對於十三行人的墓葬、遺址的出土，也做了更為詳細的解說。另利用出土人骨，所復原的十三行人面貌，亦陳列在此。 本區內容主要為「複製文化層--展示製作紀錄」、「考古發掘日記」、如何測出十三行人的年代」、「台灣的平埔族」以及「台灣的南島民族」等影帶；及十三行人狩獵篇、煉鐵篇等動畫。 一千多年前，淡水河南岸，有個小小的部落。沒有人知道它的名字，也不知道這裡住的是甚麼人。據今五百年前，這個未知族群謎樣地消失在歷史的煙塵中。 至於「十三行遺址」命名由來，則是根據考古慣例：史前遺址的命名都用發現地的最小地名。遺址所在地台北縣八里鄉頂罟村有個別名叫「十三行村」，於是以村名命名為「十三行遺址」。至於頂罟村別名的由來則有不同的說法，一說是因為清朝時，這裡曾為重要商港，有多達十三行郊（商家）在此經商，所以將此處稱為「十三行」。可是，也有學者認為「十三行」可能來自原住民語言的音譯，為原住民稱呼該地之名稱。 十三行人生活在距今1800～500年前，屬於台灣史前的鐵器時代，，是目前唯一確定擁有煉鐵技術的史前居民。地上發現的柱洞痕跡，則暗示了他們建屋的方式為東南亞較常見的干欄式建築。當地出土的陶器、陶片顏色偏紅，與台灣出土的其他文化中的陶器有明顯差異。其中最引人注目的「鎮館之寶」，為人面陶罐，在口緣、足部的表面均勻散佈圈印、櫛點等裝飾圖樣，在陶罐腹部則為生動的人面造型：微凸的眉脊、狹長的雙眼、微張的嘴角、再配上臉頰旁立起的雙耳。人面陶罐為墓葬出土文物，據學者推測可能為宗教用途。留有大量證據的，還有墓葬的方式，十三行人為屈葬（大量出土的人骨姿勢為屈肢或半屈肢），都是背向觀音山，面向台灣海峽而葬。十三行遺址出土許多珠飾、青銅器及中國漢代至唐代的銅錢，還有台灣其他地區出土的陶器，顯示十三行人不但與島內他族群交通頻繁，也與中國、南洋一代的族群來往密切。與台灣原住民一樣，十三行人也屬於南島語族。考古學家推測，他們可能與平埔族中的凱達格蘭族關係最為密切。
